< < [[neurali:software_per_diagnostica_per_immagini]] ======itksnap====== descrizione: http://www.nitrc.org/projects/itk-snap/ Atlante umano suggerito: [[neurali:iit_atlas|The IIT Human Brain Atlas (v.3.1)]] NOTA BENE: qui tutti i lobi hanno nomi inglesi... Esempio di anatomia con itksnap: {{:neurali:emisfero.pdf|}} ===== Introduzione ===== - Fornati supportati: NIfTI, DICOM, RAW, Analyze, GIPL and MetaImage - Tipi di esami supportati MRI,CT e PET - Formati NON supportati: diffusion tensor imagess ==== Terminologia ==== * Grey's anatomy = anatomia del Grey * Gray: grigio Purtroppo nel manuale ufficiale si usa "Grey" con il significato di "gray" (grigio). * grey image = immagine in 3d (MRI,CT e PET) * label image = etichette volumetriche (3d vol. of labels) File di esempio,zip - An MRI image of a volunteer's brain - An example segmentation - A file containing label descriptions for the segmentation Nel seguente esempio i dati vanno ottenuti dal precedente atlante. ===== Caricare dati ===== I dati disponibili in due principali formati (dimensioni dei voxel): - in 182x218x182 matrix size OR - in 256x256x256 matrix size Se vogliamo usare il primo tipo, ecco i file da possedere: ^descrizione ^ file ^ azione ^ | Grey image (background?) | IITmean_t1.nii.gz | 1... | | gray matter labels | IIT_GM_Destrieux_atlas.nii.gz | 2... | | look-up tables | LUT_GM_Destrieux.txt | 3... | **Azioni** - Open File > browse > IITmean_t1.nii.gz > next > finish - Segmentation > Load From Image > browse > IIT_GM_Destrieux_atlas.nii.gz > next > finish - Segmentation > Load Label Descriptions > browse > LUT_GM_Destrieux.txt > OK ===== Interfaccia ===== {{:neurali:snap1.png?200|}} * slice panels (pannello sezione) = 3 viste di piani ortogonali sezione (axial, coronal, sagittal planes) * ogni vista possiede barre e contatore di sezioni sul numero totale. * ci si muove in direzione perpendicolare alla sezione * 3d panel = la quarta vista (in basso a sinistra) in 3d * control panel: a sinistra, contiene sottopannelli descritti qui sotto ==== Control Panel ==== - Main Toolbox: 5 modalità (o tools): crosshair, navigation, poligon, snale ROI, paintbrush - **crosshair** - permette di fare click, oppure trascinare il mouse, su un punto dentro una sezione (probing) - mentre si muove il mouse, si modifica il contenuto di Tool Options: esso **mostra il nome** della zona selezionata - Se la zona selezionata è grigia (oppure se non sono state caricate le **255(?) label**), allora non c'è etichetta, e si chiama "Clear Label" - navigation - zoom, con il tasto destro del mouse (esistono pulsanti: reset all zoom, zoom to fit) - panning, con tasto sinistro - Tool Options: il suo contenuto cambia in base allo strumento selezionato in Main Toolbox - Segmentation Options: selezionare label in manuale o automatic mode - active - draw over - label editor: contiene checkbox (hide label) per nascondere parti del cervello - 3D Toolbox