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itksnap
Introduzione
Fornati supportati: NIfTI, DICOM, RAW, Analyze, GIPL and MetaImage
Tipi di esami supportati MRI,CT e PET
Formati NON supportati: diffusion tensor imagess
Terminologia
Purtroppo nel manuale ufficiale si usa “Grey” con il significato di “gray” (grigio).
File di esempio,zip
- An MRI image of a volunteer's brain
- An example segmentation
- A file containing label descriptions for the segmentation
Nel seguente esempio i dati vanno ottenuti dal precedente atlante.
Caricare dati
I dati disponibili in due principali formati (dimensioni dei voxel):
in 182x218x182 matrix size OR
in 256x256x256 matrix size
Se vogliamo usare il primo tipo, ecco i file da possedere:
descrizione | file | azione |
Grey image (background?) | IITmean_t1.nii.gz | 1… |
gray matter labels | IIT_GM_Destrieux_atlas.nii.gz | 2… |
look-up tables | LUT_GM_Destrieux.txt | 3… |
Azioni
Open File > browse > IITmean_t1.nii.gz > next > finish
Segmentation > Load From Image > browse > IIT_GM_Destrieux_atlas.nii.gz > next > finish
Segmentation > Load Label Descriptions > browse > LUT_GM_Destrieux.txt > OK
Interfaccia
slice panels (pannello sezione) = 3 viste di piani ortogonali sezione (axial, coronal, sagittal planes)
3d panel = la quarta vista (in basso a sinistra) in 3d
control panel: a sinistra, contiene sottopannelli descritti qui sotto
Control Panel
Main Toolbox: 5 modalità (o tools): crosshair, navigation, poligon, snale ROI, paintbrush
crosshair
permette di fare click, oppure trascinare il mouse, su un punto dentro una sezione (probing)
mentre si muove il mouse, si modifica il contenuto di Tool Options: esso mostra il nome della zona selezionata
Se la zona selezionata è grigia (oppure se non sono state caricate le 255(?) label), allora non c'è etichetta, e si chiama “Clear Label”
navigation
zoom, con il tasto destro del mouse (esistono pulsanti: reset all zoom, zoom to fit)
panning, con tasto sinistro
Tool Options: il suo contenuto cambia in base allo strumento selezionato in Main Toolbox
Segmentation Options: selezionare label in manuale o automatic mode
active
draw over
label editor: contiene checkbox (hide label) per nascondere parti del cervello
3D Toolbox