Appunti di informatica

È scritto in C++ ma si usa grazie a Python 2.7 Python 3.5

Richiede

1. NumPy (importandolo diviene “np”) per i calcoli (SciPy)
2. Matplotlib per visualizzare array 2D

Dipendenze

    g++ gfortran git python-dev python-setuptools 
    python-numpy python-scipy python-matplotlib cython python-opengl 
    python-qt4-gl python-lxml python-pip python-tk
    

Il cuore della simulazione avviene in C++, ma chi la usa può usare il Python per descrivere la struttura della rete neurale.

Permette di ottenere reti ibride composte da uno o due tipi di neuroni

• Mean-firing rate
• Leaky Integrate And Fire

Annarchy permette di ottimizzare le simulazioni con entrambi i tipi di neuroni, e permette di realizzare reti ibride che usano entrambi i modelli. Supporta il calcolo distribuito OpenMP.

La durata della simulazione può essere stabilita in millisecondi, oppure in base ad altri criteri di terminazione. Durante la simulazione possono essere forniti periodicamente input.

è molto più semplice

1. Prima creare l'ambiente virtuale python3, come spiegato nella pagina virtualenv
2. Poi (nell'ambiente virtuale)
   • installare le dipendenze con pip
   • installare annarchy con pip
   • installare anche due pacchetti suggeriti python3-pyqtgraph python3-pyqt4.qtopengl python3-lxml
3. ripetere spesso

   pip install --upgrade annarchy

Questi ultimi due sono per visualizzare e salvare le reti

Quindi NON è necessario usare GIT per i sorgenti di Annarchy (in questo modo):

git clone http://bitbucket.org/annarchy/annarchy.git

Comunque quest'ultimo comando può essere usato a chi desidera lavorare con la versione di test.