descrizione: http://www.nitrc.org/projects/itk-snap/

Atlante umano suggerito: The IIT Human Brain Atlas (v.3.1)

NOTA BENE: qui tutti i lobi hanno nomi inglesi…

Esempio di anatomia con itksnap: emisfero.pdf

1. Fornati supportati: NIfTI, DICOM, RAW, Analyze, GIPL and MetaImage
2. Tipi di esami supportati MRI,CT e PET
3. Formati NON supportati: diffusion tensor imagess

• Grey's anatomy = anatomia del Grey
• Gray: grigio

Purtroppo nel manuale ufficiale si usa “Grey” con il significato di “gray” (grigio).

• grey image = immagine in 3d (MRI,CT e PET)
• label image = etichette volumetriche (3d vol. of labels)

File di esempio,zip - An MRI image of a volunteer's brain - An example segmentation - A file containing label descriptions for the segmentation

Nel seguente esempio i dati vanno ottenuti dal precedente atlante.

I dati disponibili in due principali formati (dimensioni dei voxel):

1. in 182x218x182 matrix size OR
2. in 256x256x256 matrix size

Se vogliamo usare il primo tipo, ecco i file da possedere:

Azioni

1. Open File > browse > IITmean_t1.nii.gz > next > finish
2. Segmentation > Load From Image > browse > IIT_GM_Destrieux_atlas.nii.gz > next > finish
3. Segmentation > Load Label Descriptions > browse > LUT_GM_Destrieux.txt > OK

• slice panels (pannello sezione) = 3 viste di piani ortogonali sezione (axial, coronal, sagittal planes)
  • ogni vista possiede barre e contatore di sezioni sul numero totale.
  • ci si muove in direzione perpendicolare alla sezione
• 3d panel = la quarta vista (in basso a sinistra) in 3d
• control panel: a sinistra, contiene sottopannelli descritti qui sotto

1. Main Toolbox: 5 modalità (o tools): crosshair, navigation, poligon, snale ROI, paintbrush
   1. crosshair
      1. permette di fare click, oppure trascinare il mouse, su un punto dentro una sezione (probing)
      2. mentre si muove il mouse, si modifica il contenuto di Tool Options: esso mostra il nome della zona selezionata
      3. Se la zona selezionata è grigia (oppure se non sono state caricate le 255(?) label), allora non c'è etichetta, e si chiama “Clear Label”
      4. navigation
         1. zoom, con il tasto destro del mouse (esistono pulsanti: reset all zoom, zoom to fit)
         2. panning, con tasto sinistro
2. Tool Options: il suo contenuto cambia in base allo strumento selezionato in Main Toolbox
3. Segmentation Options: selezionare label in manuale o automatic mode
   1. active
   2. draw over
   3. label editor: contiene checkbox (hide label) per nascondere parti del cervello
4. 3D Toolbox