neurali:itksnap
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+ | ======itksnap====== | ||
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+ | descrizione: | ||
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+ | Atlante umano suggerito: [[neurali: | ||
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+ | NOTA BENE: qui tutti i lobi hanno nomi inglesi... | ||
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+ | Esempio di anatomia con itksnap: {{: | ||
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+ | ===== Introduzione ===== | ||
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+ | - Fornati supportati: | ||
+ | - Tipi di esami supportati MRI,CT e PET | ||
+ | - Formati NON supportati: diffusion tensor imagess | ||
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+ | ==== Terminologia ==== | ||
+ | |||
+ | * Grey's anatomy = anatomia del Grey | ||
+ | * Gray: grigio | ||
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+ | Purtroppo nel manuale ufficiale si usa " | ||
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+ | * grey image = immagine in 3d (MRI,CT e PET) | ||
+ | * label image = etichette volumetriche (3d vol. of labels) | ||
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+ | < | ||
+ | - An MRI image of a volunteer' | ||
+ | - An example segmentation | ||
+ | - A file containing label descriptions for the segmentation</ | ||
+ | |||
+ | Nel seguente esempio i dati vanno ottenuti dal precedente atlante. | ||
+ | |||
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+ | ===== Caricare dati ===== | ||
+ | |||
+ | I dati disponibili in due principali formati (dimensioni dei voxel): | ||
+ | - in 182x218x182 matrix size OR | ||
+ | - in 256x256x256 matrix size | ||
+ | |||
+ | Se vogliamo usare il primo tipo, ecco i file da possedere: | ||
+ | |||
+ | ^descrizione ^ file ^ azione ^ | ||
+ | | Grey image (background? | ||
+ | | gray matter labels | IIT_GM_Destrieux_atlas.nii.gz | 2... | | ||
+ | | look-up tables | LUT_GM_Destrieux.txt | 3... | | ||
+ | |||
+ | **Azioni** | ||
+ | |||
+ | - Open File > browse > IITmean_t1.nii.gz > next > finish | ||
+ | - Segmentation > Load From Image > browse > IIT_GM_Destrieux_atlas.nii.gz > next > finish | ||
+ | - Segmentation > Load Label Descriptions > browse > LUT_GM_Destrieux.txt > OK | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== Interfaccia ===== | ||
+ | {{: | ||
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+ | * slice panels (pannello sezione) = 3 viste di piani ortogonali sezione (axial, coronal, sagittal planes) | ||
+ | * ogni vista possiede barre e contatore di sezioni sul numero totale. | ||
+ | * ci si muove in direzione perpendicolare alla sezione | ||
+ | * 3d panel = la quarta vista (in basso a sinistra) in 3d | ||
+ | * control panel: a sinistra, contiene sottopannelli descritti qui sotto | ||
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+ | ==== Control Panel ==== | ||
+ | |||
+ | - Main Toolbox: 5 modalità (o tools): crosshair, navigation, poligon, snale ROI, paintbrush | ||
+ | - **crosshair** | ||
+ | - permette di fare click, oppure trascinare il mouse, su un punto dentro una sezione (probing) | ||
+ | - mentre si muove il mouse, si modifica il contenuto di Tool Options: esso **mostra il nome** della zona selezionata | ||
+ | - Se la zona selezionata è grigia (oppure se non sono state caricate le **255(?) label**), allora non c'è etichetta, e si chiama "Clear Label" | ||
+ | - navigation | ||
+ | - zoom, con il tasto destro del mouse (esistono pulsanti: reset all zoom, zoom to fit) | ||
+ | - panning, con tasto sinistro | ||
+ | - Tool Options: il suo contenuto cambia in base allo strumento selezionato in Main Toolbox | ||
+ | - Segmentation Options: selezionare label in manuale o automatic mode | ||
+ | - active | ||
+ | - draw over | ||
+ | - label editor: contiene checkbox (hide label) per nascondere parti del cervello | ||
+ | - 3D Toolbox | ||