neurali:itksnap
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itksnap
descrizione: http://www.nitrc.org/projects/itk-snap/
Atlante umano suggerito: The IIT Human Brain Atlas (v.3.1)
NOTA BENE: qui tutti i lobi hanno nomi inglesi…
Esempio di anatomia con itksnap: emisfero.pdf
Introduzione
- Fornati supportati: NIfTI, DICOM, RAW, Analyze, GIPL and MetaImage
- Tipi di esami supportati MRI,CT e PET
- Formati NON supportati: diffusion tensor imagess
Terminologia
- Grey's anatomy = anatomia del Grey
- Gray: grigio
Purtroppo nel manuale ufficiale si usa “Grey” con il significato di “gray” (grigio).
- grey image = immagine in 3d (MRI,CT e PET)
- label image = etichette volumetriche (3d vol. of labels)
File di esempio,zip
- An MRI image of a volunteer's brain
- An example segmentation
- A file containing label descriptions for the segmentation
Nel seguente esempio i dati vanno ottenuti dal precedente atlante.
Caricare dati
I dati disponibili in due principali formati (dimensioni dei voxel):
- in 182x218x182 matrix size OR
- in 256x256x256 matrix size
Se vogliamo usare il primo tipo, ecco i file da possedere:
descrizione | file | azione |
---|---|---|
Grey image (background?) | IITmean_t1.nii.gz | 1… |
gray matter labels | IIT_GM_Destrieux_atlas.nii.gz | 2… |
look-up tables | LUT_GM_Destrieux.txt | 3… |
Azioni
- Open File > browse > IITmean_t1.nii.gz > next > finish
- Segmentation > Load From Image > browse > IIT_GM_Destrieux_atlas.nii.gz > next > finish
- Segmentation > Load Label Descriptions > browse > LUT_GM_Destrieux.txt > OK
Interfaccia
- slice panels (pannello sezione) = 3 viste di piani ortogonali sezione (axial, coronal, sagittal planes)
- ogni vista possiede barre e contatore di sezioni sul numero totale.
- ci si muove in direzione perpendicolare alla sezione
- 3d panel = la quarta vista (in basso a sinistra) in 3d
- control panel: a sinistra, contiene sottopannelli descritti qui sotto
Control Panel
- Main Toolbox: 5 modalità (o tools): crosshair, navigation, poligon, snale ROI, paintbrush
- crosshair
- permette di fare click, oppure trascinare il mouse, su un punto dentro una sezione (probing)
- mentre si muove il mouse, si modifica il contenuto di Tool Options: esso mostra il nome della zona selezionata
- Se la zona selezionata è grigia (oppure se non sono state caricate le 255(?) label), allora non c'è etichetta, e si chiama “Clear Label”
- navigation
- zoom, con il tasto destro del mouse (esistono pulsanti: reset all zoom, zoom to fit)
- panning, con tasto sinistro
- Tool Options: il suo contenuto cambia in base allo strumento selezionato in Main Toolbox
- Segmentation Options: selezionare label in manuale o automatic mode
- active
- draw over
- label editor: contiene checkbox (hide label) per nascondere parti del cervello
- 3D Toolbox
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