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neurali:itksnap

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neurali:itksnap [2017/07/12 17:41]
profpro
neurali:itksnap [2020/06/08 22:20] (current)
Line 1: Line 1:
 +< < [[neurali:software_per_diagnostica_per_immagini]]
 +
 +======itksnap======
 +
 +descrizione: http://www.nitrc.org/projects/itk-snap/
 +
 +Atlante umano suggerito: [[neurali:iit_atlas|The IIT Human Brain Atlas (v.3.1)]]
 +
 +NOTA BENE: qui tutti i lobi hanno nomi inglesi...
 +
 +Esempio di anatomia con itksnap: {{:neurali:emisfero.pdf|}}
 +
 +===== Introduzione =====
 +
 +  - Fornati supportati:  NIfTI, DICOM, RAW, Analyze, GIPL and MetaImage
 +  - Tipi di esami supportati MRI,CT e PET
 +  - Formati NON supportati: diffusion tensor imagess
 +
 +==== Terminologia ====
 +
 +  * Grey's anatomy = anatomia del Grey
 +  * Gray: grigio 
 + 
 +Purtroppo nel manuale ufficiale si usa "Grey" con il significato di "gray" (grigio).
 +
 +  * grey image = immagine in 3d (MRI,CT e PET)
 +  * label image = etichette volumetriche (3d vol. of labels)
 +
 +<del>File di esempio,zip
 +  - An MRI image of a volunteer's brain
 +  - An example segmentation
 +  - A file containing label descriptions for the segmentation</del>
 +
 +Nel seguente esempio i dati vanno ottenuti dal precedente atlante.
 +
 +
 +===== Caricare dati =====
 +
 +I dati disponibili in due principali formati (dimensioni dei voxel):
 +  - in 182x218x182 matrix size OR 
 +  - in 256x256x256 matrix size 
 +
 +Se vogliamo usare il primo tipo, ecco i file da possedere:
 +
 +^descrizione ^ file ^ azione ^
 +| Grey image (background?) | IITmean_t1.nii.gz | 1... |
 +| gray matter labels | IIT_GM_Destrieux_atlas.nii.gz | 2... |
 +| look-up tables | LUT_GM_Destrieux.txt | 3... |
 +
 +**Azioni**
 +
 +  - Open File > browse >  IITmean_t1.nii.gz > next > finish
 +  - Segmentation > Load From Image > browse > IIT_GM_Destrieux_atlas.nii.gz > next > finish
 +  - Segmentation > Load Label Descriptions > browse > LUT_GM_Destrieux.txt > OK
 +
 +
 +===== Interfaccia =====
 +{{:neurali:snap1.png?200|}}
 +
 +  * slice panels (pannello sezione) = 3 viste di piani ortogonali sezione (axial, coronal, sagittal planes)
 +    * ogni vista possiede barre e contatore di sezioni sul numero totale.
 +    * ci si muove in direzione perpendicolare alla sezione
 +  * 3d panel = la quarta vista (in basso a sinistra) in 3d
 +  * control panel: a sinistra, contiene sottopannelli descritti qui sotto
 +
 +==== Control Panel ====
 +
 +  - Main Toolbox: 5 modalità (o tools): crosshair, navigation, poligon, snale ROI, paintbrush
 +    - **crosshair**
 +      - permette di fare click, oppure trascinare il mouse, su un punto dentro una sezione (probing)
 +      - mentre si muove il mouse, si modifica il contenuto di Tool Options: esso **mostra il nome** della zona selezionata
 +      - Se la zona selezionata è grigia (oppure se non sono state caricate le **255(?) label**), allora non c'è etichetta, e si chiama "Clear Label"
 +      - navigation
 +        - zoom, con il tasto destro del mouse (esistono pulsanti: reset all zoom, zoom to fit)
 +        - panning, con tasto sinistro
 +  - Tool Options: il suo contenuto cambia in base allo strumento selezionato in Main Toolbox
 +  - Segmentation Options: selezionare label in manuale o automatic mode
 +    - active
 +    - draw over
 +    - label editor: contiene checkbox (hide label) per nascondere parti del cervello
 +  - 3D Toolbox
  
neurali/itksnap.txt · Last modified: 2020/06/08 22:20 (external edit)